Le " Bob Barker " et le " Steve Irwin " sont amarrés près de Hobart en Australie. Ils attendent l'arrivée de leur nouvelle arme : " le Gojira ", un bateau ultra-rapide commandé par le capitaine Lockhart Maclean. C'est avec détermination que les trois navires prennent le large pour cette nouvelle mission contre la chasse aux baleines !