Sin nuestra armadura, nos infiltraremos en la Nave Nodriza Pirata a lo Metal Gear Solid hasta que recuperemos nuestra armadura, mejorada para aceptar los tres Objetos Desconocidos (los cuáles se revelan como el Rayo de Plasma, el Salto Espacial y el Traje Gravitatorio) y por fin empezaremos a masacrar todo Pirata Espacial que se ponga en nuestro camino, abriéndonos paso hasta el puente de mando.